ต่อมาในรัชกาลที่ ๕ สมัยสมเด็จพระวันรัต (แดง) เป็นเจ้าอาวาส ๒ พระบาทสมเด็จพระจุลจอมเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ ให้สมเด็จพระวันรัต (แดง) จัดการซ่อมพระวิหารพระศรีศากยมุนีเป็นครั้งใหญ่ ได้ลงมือซ่อม เมื่อเดือนกรกฎาคม ปีมะแม จุลศักราช ๑๒๕๗ ร.ศ. ๑๑๔ (พ.ศ. ๒๔๓๘) มีรายการที่ได้ซ่อมทำไปแล้ว แจ้งต่อไปนี้
๑. หลังคาพระวิหาร ตัวไม้และกระเบื้องชำรุดมาก ได้รื้อออกเปลี่ยนเชิงกลอนใหม่ต่ออกไก่ต่อแปหัวเสา ต่อขื่อใหญ่ในปธานและซ่อมกลอนระแนง แล้วมุงกระเบื้องซึ่งรื้อออก ที่ยังดีใช้ได้แต่ไม่พอ ได้รื้อกระเบื้องที่เฉลียงไปมุงเพิ่มเติม แล้วได้ถือปูน อกไก่ และเปลี่ยนช่อฟ้าใบระกาใหม่ ที่หน้าบัน ได้ซ่อมเทวรูปและกระจัง แล้วลงรักปิดทองประดับกระจกที่ตัวช้างเอราวรรณและรูปพระอินทร์แล้วเสร็จ ที่หน้าบันมุขเด็จและหน้าบันเฉลียงได้ซ่อมกระจังกับม่านสาหร่าย ลงรักปิดทองแล้วทั้งสองหน้า
๒. หลังคาเฉลียงในปธาน ชั้นบน ชั้นกลาง ชั้นต่ำ ได้เปลี่ยนเชิงกลอนใหม่แล เปลี่ยนแปจันทัน แลต่อคอสอง เปลี่ยนกลอน ระแนง เปลี่ยนฝ้ามุงกระเบื้องใหม่
๓. หลังคามุขลดในปธาน แลเฉลียงมุขลด ชั้นบน ชั้นกลาง ชั้นต่ำ เปลี่ยนเชิงกลอน แปหัวเสา จันทันกลอน ระแนง เปลี่ยนฝ้า เปลี่ยนกรอบแว่น มุงกระเบื้องใหม่ แลเปลี่ยนช่อฟ้าใบระกาใหม่ทั้ง ๔ ด้าน