ศุนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยา จัดตั้งขึ้นตามโครงการที่นักวิชาการไทยและนักวิชาการญี่ปุ่นปรับขยายมาจากข้อเสนอเดิมของสมาคมไทย-ญี่ปุ่นและจังหวัดพระนครศรีอยุธยาซึ่งเคยเสนอปรับปรุงบริเวณที่เคยเป็นหมู่บ้านญี่ปุ่นให้จัดสร้างเป็นพิพิธภัณฑ์หมู่บ้านญี่ปุ่น มาเป็นการเสนอให้จัดตั้งเป็นศูนย์ศึกษาประวัติศาสตร์อยุธยาซึ่งจะทำหน้าที่เป็นสถาบันวิจัยและพิพิธภัณฑสถานเกี่ยวกับราชอาณาจักรอยุธยาโดยรวม และได้รับงบประมาณช่วยเหลือแบบให้เปล่าจากรัฐบาลญี่ปุ่นเป็นเงิน ๙๙๙ ล้านเยน เพื่อเป็นการเฉลิมพระเกียรติในพระบรมราชวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวทรงเจริญพระชนมพรรษาครบ ๖๐ พรรษา และเพื่อเป็นที่ระลึกในโอกาสที่มิตรภาพระหว่างประเทศญี่ปุ่นกับราชอาณาจักรไทยได้สถาวรยืนนานมาครบ ๑๐๐ ปี
วัดบรมพุทธาราม อยู่ภายในบริเวณสถาบันราชภัฏพระนครศรีอยุธยา หรือที่ชาวบ้านเรียกกันทั่วไปว่า “วัดกระเบื้องเคลือบ” เพราะแต่เดิมนั้นพระอุโบสถมุงด้วยกระเบื้องเคลือบสีเหลืองแกมเขียว วัดนี้สมเด็จพระเพทราชาทรงสร้างขึ้นที่บริเวณพระนิเวศน์เดิม